Yassen Vodenitcharovfait des études musicales au Conservatoire national supérieur de musique de Sofia de 1985 à 1990 et obtient les prix d'écriture, analyse, orchestration, histoire de la musique, piano et composition.

En 1990-1991, il suit un stage de musique électroacoustique au GRM (Groupe de recherches musicales de l'Institut national de l'audiovisuel à Radio-France). Il est admis en 1991 dans la classe de composition de Paul Méfano au Conservatoire de Paris. En 1993, il obtient le Grand prix du dixième concours international de musique contemporaine de Tokyo. En 1995, il obtient le deuxième prix de composition du Conservatoire de Paris et, en 1997, le Diplôme d'études approfondies de la formation doctorale en musique et musicologie du XX^e siècle à l'Ircam sous la direction d'Hugues Dufourt qu'il poursuit par une thèse à l'École des hautes études en sciences sociales achevée en 2008. Il enseigne actuellement la théorie musicale au conservatoire Jacques Ibert à Paris.

En 2001, il obtient la bourse Beaumarchais de la Société française des auteurs et compositeurs dramatiques pour son opéra L'arbre qui parle, représenté au Studio-Théâtre de la Comédie Française. En 2005, il obtient le Prix du jury et le Prix du public au Concours international de composition Bruno Maderna à Würzburg, en Allemagne et il est compositeur en résidence au Japon, à la Villa Kujoyama à Kyoto. En 2006, il est lauréat du Premier prix du Concours international de composition pour ensemble de percussions à Marmande, en France, et en 2008, du Grand Prix La musique et la mer du Festival mondial de l'image sous-marine à Marseille.

Ses pièces sont jouées et radio-diffusées dans la plupart des  pays de l’Europe, ainsi qu’au Japon, au Canada, aux États-Unis, au Venezuela et en Australie.