Mario Lavista étudie le piano, puis, de 1963 à 1967, l'analyse et la composition avec Carlos Chávez et Rodolfo Halffter au Conservatoire national de musique de la ville de Mexico. En 1967, il se rend à Paris, où il continue ses études à la Schola Cantorum avec Jean-Etienne Marie jusqu'en 1969. Il suit des séminaires de Nadia Boulanger en 1968 ainsi que des cours avec Henri Pousseur et Karlheinz Stockhausen à la Rheinische Musikschule de Cologne en 1968 et à Darmstadt en 1969, où il rencontre György Ligeti.

En 1970, il retourne au Mexique et fonde le collectif d'improvisation Quanta. Dans ses premières œuvres, il explore le concept de hasard. Il travaille au studio de musique électronique du Conservatoire national de musique de Mexico, puis de Tokyo (studio NHK) en 1971-1972. Il collabore avec des artistes d'autres disciplines tel que Arnaldo Coen dans Cluster (1973) et Jaula (1976) ou le cinéaste Nicolás Echevarría pour qui il compose de nombreuses musiques de film.

À partir des années quatre-vingt, un important travail sur le timbre l'amène à écrire un grand nombre de pièces solistes et de musique de chambre, en collaboration avec les interprètes, dans lesquelles il cherche à étendre les techniques des intruments – Dusk pour contrebasse (1980), Marsias pour hautbois avec verres à vin (1982), Reflejos de la noche (1984), quatuor écrit pour le Cuarteto Latinoamericano qui va ensuite enregistrer ses six quatuors à cordes (label Toccata, 2011). Les décennies suivantes, toujours très riches en musique de chambre et soliste, sont ponctuées de pièces pour grand orchestre – Clepsidra (1990-1991), Lacrymosa (1992)*, *Tropo para Sor Juana (1995), de pièces vocales  – Pañales y sonajas pour mezzo-soprano et piano préparé (1999), Salmo, pour soprano et contrebasse (2006) –, d'une pièce de théâtre musical d'après Rabelais, Gargantúa (2002) et enfin d'une œuvre concertante en 2010 Concierto para cello y orquesta.

Ses œuvres reçoivent d'importantes récompenses, parmi lesquelles le Diosa de Plata de l'Asociación de Periodistas y Críticos de Cine en 1978, une bourse Guggenheim pour l'opéra d'après une nouvelle de Carlos Fuentes, Aura (1988), le Premio Nacional de Artes y Ciencias du gouvernement mexicain en 1991 et la médaille Mozart de l'ambassade d'Autriche. Il est nommé compositeur émérite par le Sistema Nacional de Creadores del Fondo Nacional para la Cultura y las Artes (FONCA) en 1993, reçoit pour l'ensemble de son œuvre le diplôme de l'Unión Mexicana de Cronistas de Teatro y Música. L'enregistrement de la Missa Brevis ad Consolationis Dominam Nostramest élu par le journal Viceversa meilleur album classique de l'année 1998 et celui de Voces Americanas où figure Quotations (1976) reçoit une nomination aux Grammy 1999. Mario Lavista est membre de l'Académie des arts de México depuis 1987 et du Colegio Nacional depuis 1998.

Auteur de nombreux essais, Mario Lavista fonde Pauta en 1982, l'une des revues musicales les plus importantes en Amérique latine et dont il dirige toujours l'édition. En outre il mène une intense activité d'enseignant, au Conservatoire national de Mexico, ainsi que dans les universités de Chicago, Cornell University, San Diego, Indiana University et McGill.