Parallèlement à ses études de composition au Conservatoire de Musique de Lisbonne, João Rafael fréquente le séminaire de composition et d'analyse d'Emmanuel Nunes à la Fondation Gulbenkian de Lisbonne. Une bourse de cet institut lui permet de continuer ses études à Paris, puis en Allemagne à Freiburg à l'«Institut für Neue Musik» où il poursuit des études de composition et de musique électronique. En 1990 il obtient, avec Transition, le premier prix du concours international de composition Camillo Togni à Brescia (Italie) . Ses oeuvres ont été jouées dans divers pays d'Europe et diffusées par Radio-France, la RAI, etc.